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佰富彩2023-01-31 16:05

提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

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【地评线】京彩好评:推进国家公园建设 为美丽中国赋能添彩******

  近日,国家林草局、财政部、自然资源部、生态环境部联合印发《国家公园空间布局方案》,遴选出49个国家公园候选区(含正式设立的5个国家公园),确定了国家公园建设的发展目标、空间布局、创建设立、主要任务和实施保障等内容。

  建立以国家公园为主体的自然保护地体系,是我国推进自然生态保护、建设美丽中国、促进人与自然和谐共生的一项重要举措。继2017年9月份我国发布《建立国家公园体制总体方案》后,到去年10月12日,我国宣布正式设立5处国家公园,再到此次遴选出49个国家公园候选区(含正式设立的5个国家公园),不仅将加快建立以国家公园为主体的自然保护地体系,也为建设美丽中国、实现中华民族永续发展提供生态支撑。尤其是《国家公园空间布局方案》不仅覆盖了森林、草原、湿地、荒漠等自然生态系统,以及自然景观、自然遗产、生物多样性等最富集区域,而且共涉及28个省份现有自然保护地700多个,10项世界自然遗产、2项世界文化和自然双遗产、19处世界人与生物圈保护区;分布着5000多种野生脊椎动物和2.9万多种高等植物,保护了80%以上的国家重点保护野生动植物物种及其栖息地。正如行业内专家分析所说,相比数量规模,国家公园的主体地位和功能作用,更主要的是体现在质量和价值上。因为国家公园之“公”,是国家所有、全民共享、世代传承。

  绿水青山就是金山银山。党的二十大报告提出,要“推进以国家公园为主体的自然保护地体系建设”。当前及今后一段时期,各地要抓紧抓好国家公园建设,为建设生态文明和美丽中国作出更大贡献。

  加强宣传,充分认识国家公园建设重要意义。建设国家公园是全面贯彻新发展理念、落实美丽中国愿景的重要举措,也是真正实现生态产品的价值转换,使“绿水青山”转化为“金山银山”生动实践。尤其是作为我国自然生态系统中最重要、自然景观最独特、自然遗产最精华、生物多样性最富集的部分,国家公园的保护范围大,生态过程完整,具有全球价值、国家象征,国民认同度高。可以说,高质量建设国家公园对于推动生态环境治理体系和治理能力现代化具有举足轻重的战略意义。同时,国家公园代表着国家形象,象征着国家精神,彰显着国家文化,是世界认识中国的一张“金名片”,是中国和世界进行文化交流的最佳载体,是全人类共同的文化财富。各地要注重以新发展理念为指引,不断提升社会大众共同参与建设国家公园体系的自觉性和主动性,通过特许经营、志愿服务、生态管护公益岗位等形式吸纳原住居民、社会公众,直接加入国家公园的保护建设管理中,在共享国家公园带来的生态福祉的同时,努力打造具有国际影响力的“中国样本”。

  多措并举,高质量推进国家公园建设。国家公园的首要功能是重要自然生态系统的原真性、完整性保护,同时兼具科研、教育、游憩等综合功能。而高质量建设国家公园,对维持全球生态系统稳定,保护全球生物多样性,为人类提供优质的生态产品和生态服务,给人类生存发展留下珍贵的自然资产,是中国推动全球生态环境治理、优化国家生态安全格局、构建人类命运共同体的一项重要举措。我国建立起了数量众多、类型丰富、功能多样的各级各类自然保护地,基本覆盖了我国绝大多数重要的自然生态系统和自然遗产资源,但与广大群众对生态文明的期盼还有差距,尤其是重叠设置、多头管理、边界不清、权责不明、保护与发展矛盾突出等体制机制方面的问题还不同程度存在。因此,我们应以国家公园建设为抓手,多措并举地进一步理顺管理体制,努力构建政府、企业、社会组织和公众共同参与国家公园保护、治理、管理的长效机制,努力为子孙后代留下更多更珍贵的自然资产,也为美丽中国赋能添彩。

  行者方致远,奋斗路正长。国家公园体系建设是一项长期而又艰巨的任务,美丽中国建设更是一场没有终点的“赛跑”,唯有真抓实干、久久为功,方能让美丽中国风景如画。更何况良好生态环境又是最公平的公共产品,是最普惠的民生福祉。通过推进国家公园建设,不断为美丽中国赋能添彩,在构建人类命运共同体进程中继续展示中国作为、中国担当、中国力量。(刘纯银)

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